رییس‌جمهور گفت: همه اتاق‌های فکر و همه دشمنان ایران به خوبی بدانند ملت ایران و مسئولین کشور شجاع تر و غیورتر از آن هستند که این اقدام جنایتکارانه را بی‌پاسخ بگذارند. به موقع و مناسب، مسئولین مربوطه پاسخ این جنایت را خواهند داد.

ترور محسن فخری‎زاده، رییس «سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع» با واکنش گسترده نمایندگان مجلس شورای اسلامی روبرو شد؛ آن ها از ادامه مسیر پیشرفت و تعالی کشور سخن گفته و در عین حال وعده گرفتن انتقام خون این شهید را دادند تا جایی که رییس مجلس تاکید کرد که «انتقام گرفتن از آمران و عاملان این جنایت های بزرگ هزینۀ سنگین و غیرقابل بازگشت این ترورها را برای آنها مشخص خواهد کرد.»

حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی در پی ترور دانشمند هسته‌ای شهید، دکتر محسن فخری‌زاده پیامی صادر کردند.

فرمانده ناجا با اشاره به شهادت دانشمند فرزانه کشور دکتر "فخری زاده" گفت: قطعا راه این شهید بزرگوار ادامه دارد. جوانان این سرزمین و دانشمندان ایران اسلامی راه این شهید بزرگوار و همه شهدا را ادامه خواهند داد و عاملان این جنایت نیز مجازات می‌شوند و به سزای اعمالشان خواهند رسید تا درس عبرتی برای همه دشمنان نظام اسلامی باشد.

وزیر آموزش و پرورش در پی ترور معاون وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح پیامی صادر کرد.